在工業廢水處理中，有些工業產生的難以溶解的有機物、對微生物有害的有機廢水，一般可生化性都是較差，必須經過預處理去除其中的有毒有害物質并調整其可生化性，而鐵碳微電解在酸性條件下，由于鐵與碳的電極電位差，廢水中形成許多個微原電池，其電位低的鐵為陽極，其電位高的碳為陰極，在酸性富氧的情況下發生電化學反應，來除去廢水中的有毒有害難溶解物質及增加其可生化性，鐵碳微電解的運行是在廢水進入生化池前的一大保障。
而鐵碳微電解運行中也含有一些小問題：
    1、進水pH值對鐵碳微電解運行成本的影響。
鐵碳處理時進水的pH值越低，CODcr去除效果越好。因為pH低能增加微電解的電位差，加強電化學反應，但pH過低會致使鐵的消耗量變大，產生的鐵泥也多，增加了后面對污泥的處理費用。當進水水質為堿性或者強堿性時，得加酸中和至鐵碳處理的pH值，而鐵碳出水后呈酸性還需要加堿來中和，這就增加了其運行成本。
    2、鐵碳微電解的填料的表面鈍化、板結。
鐵碳填料運行有段時間后，鐵碳填料產生大量的氧化物附著在填料表面未及時脫落，致使其表面板結與鈍化，而表面鈍化則是會在填料表面覆蓋上一層鈍化膜，在鈍化膜的阻隔下，鐵碳填料不能與廢水接觸導致其不能發生原電池電化學反應，使出水效果未達到理想狀態。
    鐵碳微電解的運行中雖然會遇見很多問題，但是認真的處理對待，也是可以解決的，也可以尋求專業的環保單位進行處理

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