在制藥廢水處理中所使用的生化法主要包括厭氧法和水解酸化等。
   (1)厭氧法
    厭氧法是在無氧的環境下，利用兼性菌和厭氧菌的厭氧代謝作用，將廢水中有機污染物進行生物降解的一種方法。厭氧法具有以下優點:適用范圍廣(既能處理中、低濃度有機廢水，又能降解高濃度有機廢水)；能耗低(不需供氧，且厭氧降解產生的沼氣可回收利用，一般厭氧法的動力消耗為活性污泥法的1/10左右)；有機負荷高；剩余污泥少。但是，厭氧法也存在一定缺陷性，如厭氧微生物增值緩慢，導致厭氧設備反應器啟動復雜且時間較長或水力停留時間(HRT)較長、單位時間處理水量較低等問題。
  (2)水解酸化
   水解酸化是一種介于厭氧和好氧處理法之間的方法，在工業廢水處理工程中一般作為預處理單元，其利用水解產酸菌、甲烷菌厭氧代謝作用，將廢水中大分子物質通過水解作用轉化為可生物降解性較好的小分子物質，同時產酸菌將水解后的小分子有機物進一步轉化為簡單的化合物，加速水解酸化反應。通過水解酸化后的廢水，其可生物降解性將得到提升，為后續處理工藝提供良好的反應條件。
   工程應用中常采用多種預處理方法聯用技術，以強化對廢水的預處理效果，達到后續生化處理反應條件的要求。采用Fenton/接觸厭氧/載體懸浮床組合工藝處理合成制藥廢水，得到了較好的處理效果，其中試運行結果表明，利用Fenton氧化對該合成制藥廢水進行預處理可以提高廢水的可生物降解性，為后續接觸厭氧/載體懸浮床組合提供良好條件，且該組合工藝運行穩定、抗沖擊負荷能力強。

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