好氧生物處理技術是在制藥廢水處理領域里最早開始研究和應用的生物處理技術，常見的制藥廢水好氧生物處理技術有傳統活性污泥法、序批式活性污泥池(SBR)、深井曝氣、生物流化床等。
傳統活性污泥法是最早應用于制藥廢水處理的好氧生物處理技術，但大量的實踐表明，在工程應用中傳統活性污泥法存在這些缺點:運行負荷低、污泥產量大且易發生污泥膨脹、去除率低，出水難以達到污水排放標準，常需進行深度處理。因此，近年來活性污泥法研究和發展的方向在于通過改進曝氣方法，提高氧傳遞速率，進而提高處理效率；通過固定微生物，增強處理效果。
   序批式活性污泥法(SBR)是一種具有運行上有序和間歇操作的活性污泥污水處理技術。通過實驗表明，COD去除率基本穩定在80%以上。
   深層曝氣法是為了節約用地而發展起來的一種曝氣法，一般池深在10～20m，而更深(池深150～300m)的深層曝氣法又被稱為豎井或者深井曝氣。據報道，采用深井曝氣法處理抗生素類藥品廢水COD去除率能夠達到59%以上。漓源環保曾采用深井曝氣法對制藥廢水進行處理實驗，實驗結果顯示，深井曝氣能夠在高負荷工況下有效去除污染物，COD去除率達到80%。
   生物流化床是一種改進的生物膜法，以固體填料作為微生物的載體，廢水從下而上進入床內帶動填料呈流化狀態，提高了微生物與污染物的反應速率，并且提高了氧傳遞效率，從而提高了處理效果，漓源環保通過長期大量的制藥廢水處理研究實驗，發現生物流化床的處理制藥廢水的效果有穩定且時間短、抗沖擊負荷強等特點。

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