隨著制藥廢水排放標準的日趨嚴格，對傳統的制藥廢水處理的物化和生物處理工藝處理后的出水進行深度處理是滿足新排放要求的必然趨勢。由于藥物品種類多樣、生產工藝各不相同，因此制藥廢水的組成非常復雜。總結制藥廢水的主要特點包括：廢水量大、污染成分負責、有機物濃度高、色度高、可生化性差、毒性高等，屬于典型的難處理工業廢水。
        常規的制藥廢水處理手段主要有物理方法和生物方法。這兩種方法雖然運行操作簡單，投資成本低，并且有一定的處理效果。但近年來隨著廢水種類越來越復雜，排放標準更趨嚴格，傳統的物理和生物處理工藝已經不能滿足人們對環境保護的要求。目前，國內外對制藥廢水深度處理的主要技術有高級氧化法和膜生物反應器。
1、高級氧化法
        高級氧化技術（Advanced oxidation processes，AOPs）是通過一定氧化反應產生具有強氧化性的羥基自由基（•OH，氧化還原電位為2.80 V），在高溫高壓、電、超聲波、光輻射、催化劑等條件下，通過•OH與廢水中有機污染物產生反應，達到使廢水中大分子有機物質降解為小分子有機物或者直接降解為CO2和H2O，使有毒有機物氧化成低毒或者無毒有機物的工藝過程。根據產生自由基的方式和反應條件的不同，主要分為Fenton氧化法、光催化氧化法、電化學氧化法等。由于其適用范圍廣、氧化能力強、反應迅速等優點，并且可以提高廢水的可生化性和降低廢水毒性，AOPs已被廣泛研究和應用于各種難處理工業廢水中。
2、膜生物反應器
        以活性污泥法為主的傳統生物處理方法已經不能滿足日趨嚴格的制藥廢水排放要求。膜分離是指在外部推動力的作用下，利用膜選擇透過性的功能進行分離和壓縮的方法。膜生物反應器（MBR）是基于對傳統污水處理工藝的改良，將膜分離技術與活性污泥技術相結合的一種高效污水生物處理技術。MBR同時具有濃縮和分離的功能，能夠實現水利停留和污泥停留時間的靈活控制。根據分離膜孔徑的不同，MBR處理后出水的效果也各不相同，優質的MBR能夠達到中水回用要求。
        隨著膜成本的大幅下降以及穩定性日益成熟，MBR已受到世界范圍內的廣泛關注，并被譽為“21世紀的水處理技術”。目前，已廣泛應用于垃圾滲濾液，制藥，印染，制藥和造紙等工業廢水的處理或回用。

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